试管婴儿并非完全排除了畸形的风险。无论是传统的试管婴儿技术还是三代试管技术，在胚胎培养和过程中都存在一定的风险。这些风险已经大大减少。
三代试管技术在基因筛查方面具有显著优势。通过对胚胎进行基因检测，可以筛查出携带遗传疾病或染色体异常的胚胎，并选择健康的胚胎进行移植。这样一来，大大提高了成功率，并有效降低了畸形风险。
在三代试管婴儿过程中使用的PGS/PGD技术也可以帮助减少畸形的发生。PGS（胚胎染色体筛查）和PGD（单基因疾病筛查）能够对胚胎进行全面的遗传学检测，从而筛查出携带遗传缺陷的胚胎或有可能引发畸形的基因变异。这样，只有健康的胚胎才会被选择用于移植，大大降低了畸形风险。
三代试管技术还可以帮助解决一些与年龄相关的问题。随着女性年龄增长，卵子质量下降的风险也会增加，这可能导致染色体异常和畸形的发生。而通过三代试管技术中使用的卵子质量评估和选优系统，可以选择质量较好的卵子进行受精和移植，进一步减少了畸形风险。