移植的优质囊胚不着床，其原因众多，一般多是胚胎遗传物质异常、母体健康状态影响等原因造成的。优质胚胎也有可能存在染色体畸变、 DNA变异等基因遗传物质的异常，从而使胚胎着床失败，即使是优质胚胎，也有可能发生不着床、移植失败的情况。如果母体子宫存在宫腔粘连、息肉、黏膜下子宫肌瘤、子宫内膜炎、子宫内膜薄等病症时，都会导致胚胎着床的概率下降。
做试管婴儿移植三次优质囊胚不着床的原因可能是子宫内膜太厚或者是太薄，再是身体孕酮太低，胚胎染色体有问题等导致。子宫内膜太厚可以出现充血水肿，不利于受精卵着床。子宫内膜太薄，受精卵也不容易着床，容易导致生化妊娠。受精卵着床需要孕酮，孕酮太低可以导致受精卵发育不好，再是容易出现生化妊娠和早期流产。
囊胚不着床可能是由子宫内膜异常、胚胎质量问题和免疫因素等原因引起的。例如子宫内膜薄、不适合胚胎着床或者存在息肉、子宫肌瘤等情况，影响胚胎的着床。囊胚也可能存在染色体异常、胚胎发育不良等问题，导致其无法成功着床。免疫系统异常可能也会导致免疫反应过度，攻击胚胎，阻碍其着床。除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如子宫内环境不适宜、激素水平异常、血液循环问题等，这些因素也可能影响囊胚的着床。