⑴药物治疗：目前多采用GnRHa治疗。但单纯采用GnRHa会影响排卵，不主张单用，多用于试管婴儿的前期治疗。

国内及国际大多数的研究认为，试管婴儿前应用2至6个月的GnRHa治疗可以增加试管婴儿的优质胚胎率、着床率，降低流产率，可以得到与单纯输卵管因素患者相似的临床妊娠率和较低的流产率。

⑵手术治疗：手术切除盆腹腔表面的内异症病灶，可能会改善盆腔的毒性环境，术后一年妊娠率10—30%。

但会导致卵巢储备不可逆的降低，因此对不孕的患者要慎重，需要手术的患者应该充分评价患者的卵巢储备情况及手术对卵巢可能的损害及患者的耐受情况方可向患者推荐。

⑶试管婴儿治疗：试管婴儿治疗已成为内异症患者获得妊娠的一种主要的方法，特别是中重度患者和手术后仍不孕的患者。国内外研究报道，内异症患者的试管婴儿成功率略低于单纯输卵管因素的患者，但统计学无差异。