三代试管婴儿的缺点在于其高昂的费用。除了基本的医疗费用外，还需支付辅助生殖技术的费用，如胚胎移植和激素治疗，总费用可能高达数万美元。这对许多家庭来说是一项沉重的负担。

医疗风险

进行三代试管婴儿可能伴随着一定的医疗风险。手术操作可能导致感染或其他并发症。此外激素治疗可能引发情绪波动、卵巢过度刺激综合征等不良反应，对女性健康构成潜在威胁。

心理压力

三代试管婴儿过程中的不确定性和压力可能对夫妻关系和个人心理健康造成负面影响。长时间的治疗过程和不断的失败尝试可能导致情绪波动、焦虑和抑郁等心理问题。

伦理和道德问题

三代试管婴儿涉及到基因工程和胚胎筛选等伦理和道德问题。人们担心可能引发的道德争议，以及基因编辑可能带来的未知风险。此外胚胎筛选可能导致选择胚胎或其他特征的问题，引发公众对平等和社会正义的关注。