试管三代可能会产生遗传疾病的风险。由于通过试管三代技术，胚胎在体内授精并进行基因筛查后再移植到自己体内内，所以无法完全排除遗传疾病的可能性。即使经过基因筛查，也不能保证所有遗传问题都能被发现和排除掉。将通过试管三代技术获得的胚胎移植到自己体内内后，仍然存在一定程度上的遗传疾病风险。
试管三代可能会导致妊娠并发症的风险增加。与自然怀孕相比，通过试管三代技术获得妊娠的女性往往需要接受更多的医学检查和治疗过程，并且在整个过程中需要长期使用荷尔蒙药物来促进卵巢排卵和子宫内膜生长。这些药物的使用可能会增加妊娠并发症的风险，如多胎妊娠、早产等。
试管三代可能会对心理健康产生负面影响。尝试怀孕往往是一段情感起伏不定的过程，特别是当通过自然方式无法实现时。而进行试管三代技术，则需要面对更多的医学操作和治疗过程，这可能会给女性带来压力和焦虑。同时在整个过程中，女性还需要承受着是否能成功怀孕的不确定性，长时间的等待也会对心理健康造成负面影响。
试管三代可能会引发道德伦理问题。虽然试管三代技术在解决生育困难方面具有重要意义，但它也涉及到一些伦理问题。例如，在进行基因筛查时可能选择胚胎、外貌特征等因素来筛选胚胎；或者将人工合成基因导入胚胎以达到某种期望目标。这些行为可能引发一系列道德伦理争议，并且长期来看也会对人类社会产生深远影响。
