1. 发育阶段的不同

卵裂期胚胎是指发育到第3天的胚胎，而囊胚是指发育到第5天或第6天的胚胎。这是它们在发育时间上的主要区别。

2. 形态学上的差异

卵裂期胚胎的细胞数较少，通常在第2天的胚胎有4个细胞左右，第3天的胚胎有8个细胞左右，细胞呈对称组合。而囊胚的细胞数较多，一般在数十个甚至数百个。此外，囊胚细胞群分化为滋养层细胞和内细胞团细胞，胚胎内有腔室，呈空囊状，因此称为“囊胚”。

3. 着床位置和时机

卵裂期胚胎位于输卵管部分，而囊胚位于子宫内。卵裂期胚胎在正常生理情况下处于输卵管部位，移植后就意味着过早地进入到母体子宫内，需要在宫腔中游离几天后，着床在子宫内膜。囊胚移植则更符合生理性着床过程，因为它类似于自然妊娠中着床的情况。

4. 移植成功率和风险

囊胚移植通常具有更高的着床率和妊娠率，因为囊胚已经经过了一段时间的发育和自我筛选，淘汰了质量较差的胚胎。然而，囊胚培养也存在一定的风险，有可能在培养过程中因为胚胎自身发育受限不能培养到囊胚阶段，最终导致无胚胎可用的情况。

5. 临床实践中的选择

在临床实践中，医生会根据患者的具体情况和胚胎的质量来决定移植哪种时期的胚胎。如果胚胎质量好而且数量多，培养到第3天没有出现特别优秀的，建议培养到囊胚，再选出更好的胚胎进行移植，这样移植成功率和妊娠率更高。

综上所述，卵裂期胚胎与囊胚期的主要区别在于它们的发育阶段、形态学特征、着床位置和时机、移植成功率以及风险等方面。这些区别决定了医生在选择移植胚胎时会根据患者的具体情况和胚胎的质量来做出决策。