染色体缺失是由于受精卵或胚胎在发育过程中染色体出现异常而导致的。最常见的原因是母方或父方携带有染色体异常，例如染色体重排、染色体数目异常等。另外，在试管受精和胚胎培育过程中也可能引起染色体缺失。生活方式、环境因素和年龄也会对染色体完整性产生影响。
遗传因素
遗传因素是导致三代试管胚胎染色体缺失的主要原因之一。如果父母携带有染色体异常，例如易位、倒位等，就有可能将异常基因传递给下一代。这种遗传疾病可能会导致孩子出现染色体缺失的情况。
年龄也是一个重要的遗传因素。随着女性年龄增长，卵子质量会下降，增加了受精卵发生染色体异常的风险。男性的精子质量也可能受到年龄影响而引起染色体问题。
其他可能原因
除了遗传因素外，试管受精和胚胎培育过程中的操作技术也可能引起染色体缺失。如果操作不当或环境条件不佳，都有可能对胚胎造成伤害，进而导致染色体异常。
生活方式和环境因素也会对孕妇和未来宝宝产生影响。如吸烟、饮酒、接触有毒物质等都可能对胚胎发育造成不利影响，增加出现染色体缺失的几率。