精子畸形率高达99%确实会影响自然受精的受精率，但是如果使用第二代试管婴儿技术，即卵胞质内单精子注射技术（ICSI），胚胎实验室人员会对精子形态进行评估，挑选形态正常的活动精子进行授精，使受精率不受畸形率的影响。受精之后的胚胎发育和着床等环节受很多因素的影响，并最终决定了试管婴儿的成功与否。单纯的精子畸形率高并不会影响试管婴儿的成功率。
精子畸形率高会不会影响试管婴儿
试管婴儿专家表示，畸形精子症的严重程度不影响第二代试管婴儿成功率。所以，精子畸形率高达99%，只要精子内部质量是好的，有些极重度的畸形精子症(精子畸形率高达100%)，通过试管婴儿技术也可以获得较高的生育成功率。
精子畸形率高对生育的影响
按照世界卫生组织(WHO)最新标准，通过严格的精子形态学染色分析，精子正常形态率小于4%为畸形精子症。由此可见，精子形态并不是我们想象的那样，都是100%正常，而且恰恰相反，大部分本身就是畸形的。而精子畸形率高对生育的影响也是存在的。
1、 精子无法和卵子结合
如果精子畸形率比较高的话，那么精子的活力则会特别差，而且运动能力也会很差，甚至没有能力游到卵子的旁边与卵子结合，这样一来就会因为精子和卵子无法结合，引发不育的发生。
2、 造成流产
在精子畸形率比较高的情况下，精子也有可能会与卵子结合，但是结合之后胚胎的发育却会受到很大的影响，严重的时候会导致女性流产。