1. 性别不平等的加剧
性别筛选可能导致性别不平等的问题加剧。由于一些人可能会选择生育特定性别的孩子，这就可能削弱性别平等的努力。这种做法可能会导致社会上某一性别变得过剩，从而对该性别产生不利影响，如降低其社会价值和就业机会等。
2. 人口结构失衡
性别筛选可能导致人口结构出现失衡的情况。例如，如果大量选择男孩，可能会导致男孩数量过多，女孩数量过少，从而引发一系列社会问题，如“剩男”现象的加剧、婚配失调的恶化，甚至可能导致人口性别比失衡，这些都会对社会稳定和公平性产生负面影响。
3. 女性权益受损
性别筛选可能导致女性权益受损。在一些文化中，男孩被视为家庭和社会的主要继承者，而女孩则被认为不如男孩有价值。因此，过度选择男孩可能会导致女孩的出生权利得不到保障，进一步加剧性别歧视和不平等。
4. 社会稳定受到威胁
性别筛选可能导致社会稳定受到威胁。例如，“剩男”现象很可能诱发大量性犯罪等行为，严重破坏社会稳定，危及经济社会的和谐发展。
5. 负面的社会价值观
性别筛选可能导致负面的社会价值观形成。例如，如果一个社会普遍认为男孩比女孩更有价值，那么这可能会导致人们对女孩的价值产生贬低，从而对女孩的成长和发展产生不利影响。
6. 医疗资源的滥用
性别筛选可能导致医疗资源的滥用。例如，如果只是为了追求男孩或女孩，而过度使用性别筛选技术，这不仅会增加医疗成本，也可能导致医疗资源的浪费。
7. 遗传歧视的加剧
性别筛选可能导致遗传歧视的加剧。过度依赖基因筛选可能会导致人们仅仅定义为其遗传特征，而不考虑其他品质，这可能会导致对某些遗传特征持有者的歧视。
8. 卫生和照护工作的危机
性别筛选可能导致卫生和照护工作中的性别不平等，从而对妇女、卫生系统和健康结果带来不利影响。卫生系统投资不足导致无偿卫生和照护工作的恶性循环，这降低了妇女对有偿劳动力市场的参与，损害了妇女的经济赋权并阻碍了性别平等。
以上社会问题都是性别筛选可能带来的负面影响，需要引起足够的重视和关注。