三代试管技术引发争议的原因之一是与人类生殖权利有关。有些人认为，通过三代试管技术解决遗传疾病带给家庭的痛苦是应该被允许的。他们主张个体应该有权选择拥有健康后代的机会，并且相信科技可以为他们实现这个愿望。另一些人担心，这种技术可能打开了一个潘多拉魔盒，导致滥用和不可预测的后果。他们认为保护人类生育过程的自然性和完整性至关重要，并反对将其置于科技控制之下。
伦理道德问题也是引发争议的另一个原因。三代试管技术涉及到修改胚胎基因或使用无偿器官来避免遗传疾病。这种干预被一些人视为跨越了道德边界，因为它可能导致人类生育过程的商业化和失去人类的核心价值观。另一方面，支持者认为，在面对严重遗传疾病时，使用三代试管技术是为了保护未来子孙免受疾病困扰的道德行为。
三代试管技术还引发了社会公平性的争议。由于这种技术的昂贵费用，只有经济条件较好的家庭才能够获得并享受其带来的好处。这导致了一个问题：是否应该将科技进步带来的好处普及给更多有需要的人？一些人主张政府应该提供资金支持和减少相关费用，以确保每个家庭都能够平等地享受到三代试管技术带来的益处。也有人担心这样做会导致资源分配不均和滥用。
三代试管技术在伦理和法律层面也存在着争议。例如，在某些国家和地区，使用三代试管技术被认为违背了传统价值观和法律规定。这使得许多潜在的受益者被迫寻求海外治疗或选择其他替代方法。这种法律和伦理的不一致性导致了人们对三代试管技术的争议，同时也加剧了全球范围内的不平等。