马来西亚第三代试管婴儿的费用因多种因素而异。一次试管婴儿过程的平均费用约为30000至60000马来西亚令吉。然而这个范围并不是固定的，费用可能会因以下几个主要因素而有所变动。

医院或诊所的选择将直接影响试管婴儿的花费。在大城市如吉隆坡和槟城，一些有名气的私人医院提供试管婴儿服务，但费用较高。相比之下，在较小的城市或乡村地区，由政府拥有和运营的公立医院可能提供更为经济实惠的选择。

治疗过程中所需药物和技术也会对费用产生重要影响。例如促排卵药物可增加卵子数量以提高受孕机会，并且其价格较高。此外在某些情况下可能需要进行胚胎筛查、胚胎冷冻等额外技术操作，这也将增加整体花费。

另外一个重要因素是患者本身的生理状况和需求。如果女性存在其他生育问题如子宫内膜异位症或输卵管堵塞等，可能需要额外的手术治疗。这些额外的治疗将增加试管婴儿的总费用。

试管婴儿过程中可能会出现并发症或不确定因素，例如多囊卵巢综合征、胚胎移植失败等。这些意外情况可能需要额外的检查和治疗，并进一步增加费用。