三代试管技术包含了一系列复杂的步骤和环节。其中最困难的环节之一是卵子采集过程。对于女性来说，卵子产量有限且只能在排卵期采集到。这要求女性进行详细的排卵监测，并在准确的时机接受手术采集卵子。由于手术本身可能会引起不适或并发症，因此这个环节对许多人来说可能是最困难和痛苦的一步。
在男性方面，精液采集也可能成为三代试管中最困难的环节之一。有些男性可能存在精液质量差、数量不足或甚至完全无法自然排精的问题。在这种情况下，需要通过其他方式获得精液样本，如手动提取或精液提取术。这些过程可能不仅对男性而且也对夫妻双方造成一定的身心压力。
胚胎移植也是三代试管中一个具有挑战性的环节。在成功培养出健康的胚胎后，医生需要将它们转移到女性子宫内，以促进妊娠。并非所有的胚胎都能成功着床和发育成为健康的胎儿。在选择合适的时机和方法进行胚胎移植时，医生需要综合考虑多个因素，并根据个体情况进行调整。
困难的环节是对于某些人来说可能需要多次尝试才能成功怀孕。即使在经过了所有必要的步骤和环节之后，结果仍然可能是失败或未能持续妊娠。这对夫妇来说可能是极其痛苦和失望的，因为他们已经付出了巨大努力和时间来实现自己的愿望。