三代试管涉及到基因编辑和人类胚胎的操作，这引发了道德和伦理上的争议。通过三代试管，科学家可以选择性地编辑人类胚胎中的基因，以避免患有某些遗传疾病的风险。在进行这种操作时，可能会对胚胎本身造成伤害或影响其正常发育。由于缺乏确凿的科学证据来证明这种技术是否安全可靠，许多国家出于保护人类生命和尊严的考虑，将其列为违法行为。
在一些国家中，三代试管被认为是一种滑坡式的技术。也就是说，如果允许进行三代试管，那么可能会引发更复杂的技术和伦理问题。例如，如果可以编辑人类胚胎的基因以消除遗传疾病，那么是否可以将这种技术用于选择性地改变其他特征？这可能会导致人类基因的无限制修改，进而影响到整个人类社会的进程和价值观。为了避免滑坡式的技术发展和保护人类基本权益，一些国家选择将三代试管视为违法。
三代试管也存在着商业化和经济利益驱动的问题。在一些国家中，私营机构或医院可以利用三代试管作为一项商业服务出售。这可能导致不合理的价格波动，使得只有富裕阶层才能负担得起这种技术。而对于广大普通民众来说，他们则面临着难以获得这种治疗的困境。出于公平与社会正义的考虑，一些国家将三代试管禁止或限制其使用。