三代试管婴儿是通过将母亲的卵子和父亲的精子结合在体内培养基中进行受精，然后再将受精卵移植回母亲子宫内发育而成的。这个过程中存在许多不确定因素，例如是否能够成功着床、胚胎发育的质量等。即使经历了成功的授精和移植过程，也并不能保证最终能够顺利地怀孕和生育健康宝宝。
在经历了成功的妊娠阶段后，还有许多其他问题可能会出现。例如，在整个怀孕期间，母亲可能面临着更高的流产风险以及患上妊娠相关疾病（如妊娠高血压、糖尿病等）的风险增加。这些问题可能会对母婴健康产生不利影响。
三代试管婴儿在遗传上也存在一定的风险。由于胚胎是在体内授精和培养过程中形成的，所以无法完全排除某些基因突变或遗传疾病的潜在风险。虽然医生会进行一系列的基因筛查和遗传咨询来降低这种风险，但仍然无法保证完全没有问题。
三代试管尚未有足够长期的研究和观察数据可以证明其后期是否完全没有问题。虽然目前已经有很多成功案例，但仍然需要更多时间来观察和评估长期效果。